In Rot aus blauen Wellen aufsteigend eine silberne (weiße) Burg mit zwei Zinnentürmen und geschlossenem Tor auf einem blauen Wellenschildfuß.
Das Dorf „Seburc" ist bereits 770 im Lorscher Kodex genannt. Namengebend für den Ort, der als Burgweiler einer mittelalterlichen befestigten Anlage vermutlich auf dem Burgberg zwischen Mühl- und Seetal entstanden ist, war der „Bodenlose See", den der bis ins 18. Jahrhundert aufgestaute Fischbach bildete.
1208 ist erstmals von einem Adelsgeschlecht die Rede, das sich „von Seeburg" nannte und nach seinem Wappen, das drei Wolfsangeln zeigte, ein Zweig der Herren vom Stein gewesen sein muss. Die Herren von Seeburg hatten wahrscheinlich die Ortsherrschaft bis zu ihrem Aussterben um 1400 inne. Die vor 1150 entstandene Burg auf dem Felsen über Seeburg, die das Tal beherrschte, kam vermutlich spätestens in der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts an Württemberg. Der Weiler Seeburg war wohl bis ins 13. Jahrhundert Teil der Grafschaft Urach und ging dann an Württemberg über, dessen Oberhoheit seit dem 14. Jahrhundert nachweisbar ist.
Seit der Mitte des 15. Jahrhunderts gehörte das Dorf auf jeden Fall zum Amt Urach. Seeburg war Sitz eines Unteramtes, dem 1487 die Dörfer Wittlingen, Trailfingen und Gruorn, 1514 auch Hengen und Rietheim angehörten.
Bei der Auflösung des Landkreises Urach 1938 wurde die Gemeinde dem Landkreis Münsingen, 1973 dem Landkreis Reutlingen zugeordnet. Am 01.01.1975 wurde Seeburg Stadtteil von Urach.
Das alte Dienstsiegel, das die Gemeinde bis 1946/47 führte, zeigt den Großbuchstaben S, auf beiden Seiten von einem Lorbeerzweig begleitet. Bei der Wahl des Wappens entschied sich der Gemeinderat im Juli 1947 nicht für einen historischen Bezug, wofür sich die drei Wolfsangeln der Herren von Seeburg angeboten hätten, sondern sie wählte ein „redendes Wappen", das auf den Ortsnamen anspielt.
Das Innenministerium von Württemberg-Hohenzollern verlieh das Wappen am 27.02.1948.